Chaque année, le Conseil des étudiants choisit un organisme de bienfaisance mis en avant par les étudiants. L'année est alors consacrée à des événements de charité organisés et gérés par le Conseil des étudiants de l'Université.
L'UNICEF a été choisi en 2006-2007. L'événement le plus mémorable de l'année a été la fin de l'année universitaire avec un barbecue annuel (recueillant plus de 1000 CHF) qui a été organisé pour les étudiants et les membres du corps professoral. Tous les profits amassés ont été remis à l'UNICEF. Des fonds ont été levés par le biais des tournois de football et de volley-ball, et une vente de pâtisseries. L'importance de ce don a été soulignée par un représentant de l'UNICEF, il a insisté sur le coût des vaccinations pour les enfants en Afrique (autour de 1 CHF) et comment chaque événement peut faire la différence pour améliorer le bien-être des pays pauvres.
L'organisme de bienfaisance choisi de 2008-2009 a été présenté par le nouveau bureau du Conseil des Etudiants 2008. La Fondation Roger Federer est cette année l’oeuvre de charité annuelle. La fondation s'efforce de financer des projets sélectionnés dans le domaine de la scolarisation et l'éducation pour les enfants sans ressources suffisantes dans les régions les plus pauvres d’Afrique. Il vise également à promouvoir le sport pour la jeunesse en Suisse par le biais de mesures appropriées. Plusieurs initiatives ont été prises pour lever des fonds : des dîners trimestriels, une vente de pâtisseries, et deux fêtes. Un total de 10,000 CHF sera reversé à la fondation de Roger Federer.
Chaque année, l'Université soutient Terre des Hommes, une organisation caritative visant à aider les enfants des pays du tiers monde à venir en Suisse pour y subir un traitement médical nécessaire et qui, autrement, ne pourraient pas se le permettre. L'Université participe à la vente d'oranges autour de Genève pour aider à promouvoir la sensibilisation et recueillir des fonds pour Terre des Hommes.
